El Hospital Universitario del Henares está acreditado para ofrecer formación especializada desde el año 2010. Comenzó con cuatro especialidades y actualmente son quincelas unidades y servicios que ofertan plazas de formación: Unidad docente de Anestesia, reanimación y tratamiento del dolor, Aparato Digestivo, Cirugía General, Medicina de Familia y Comunitaria, multidisciplinar de Salud Mental, de Geriatría, de Medicina Intensiva, Medicina Interna, Neumología, Oftalmología, Pediatría, Radiodiagnóstico, Traumatología, Urología y la recién estrenada unidad docente de Dermatología.
En total actualmente hay 74 médicos residentes, 6 enfermeras residentes y 4 psicólogos residentes.
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